مرگ کوروش نیز چون تولدش ظاهرا به تاریخ تعلق ندارد. هیچ روایت قابل اعتمادی که از چگونگی مرگ کوروش سخن گفته باشد در دست نداریم و لیکن از شواهد چنین پیداست که کوروش در اواخر عمر برای آرام کردن نواحی شرقی کشور که در جریان فتوحاتی که او در مغرب زمین داشت ناآرام شده بودند و هدف تهاجم همسایگان شرقی قرار گرفته بودند به آن مناطق رفته است و شش سال در شرق جنگیده است. بسیاری از مورخین ، علت مرگ کوروش را کشته شدنش در جنگی که با قبیله ی ماساژتها ( یا به قولی سکاها ) کرده است دانسته اند. ابراهیم باستانی پاریزی در مقدمه ای که بر ترجمه ی کتاب « ذوالقرنین یا کوروش کبیر » نوشته است ، آنچه بر پیکر کوروش پس از مرگ می گذرد را اینچنین شرح می دهد :سرنوشت جسد کوروش در سرزمین سكاها خود بحثی دیگر دارد. بر اثر حمله ی كمبوجیه به مصر و قتل او در راه مصر ، اوضاع پایتخت پریشان شد تا داریوش روی كار آمد و با شورش های داخلی جنگید و همه ی شهرهای مهم یعنی بابل و همدان و پارس و ولایات شمالی و غربی و مصر را آرام كرد. روایتی بس موثر هست كه پس از بیست سال كه از مرگ کوروش می گذشت به فرمان داریوش ، جنازه ی کوروش را بدینگونه به پارس نقل كردند:شش ساعت قبل از ورود جنازه به شهر پرسپولیس ( تخت جمشید ) ، داریوش با درباریان تا بیرون شهر به استقبال جنازه رفتند و جنازه را آوردند. نوزاندگان در پیشاپیش مشایعین جنازه ، آهنگهای غم انگیزی می نواختند ، پشت سر آنان پیلان و شتران سپاه و سپس سه هزارتن از سربازان بدون سلاح راه می پیمودند ، در این جمع سرداران پیری كه در جنگهای کوروش شركت داشته بودند نیز حركت می كردند. پشت سر آنان گردونه ی باشكوه سلطنتی کوروش كه دارای چهار مال بند بود و هشت اسب سپید با دهانه یراق طلا بدان بسته بودند پیش می آمدند. جسد بر روی این ردونه قرار داشت. محافظان جسد و قراولان خاصه بر گرد جنازه حركت می كردند. سرودهای خاص خورشید و بهرام می خواندند و هر چند قدم یك بار می ایستادند و بخور می سوزاندند. تابوت طلائی در وسط گردونه قرار داشت. تاج شاهنشاهی بر روی تابوت می درخشید ، خروسی بر بالای گردونه پر و بال زنان قرار داده شده بود – این علامت مخصوص و شعار نیروهای جنگی کوروش بوده است. پس از آن سپهسالار بر گردونه جنگی ( رتهه ) سوار بود و درفش خاص کوروش را در دست داشت. بعد از آن اشیا و اثاثیه ی زرین و نفایس و ذخایری كه مخصوص کوروش بود – یك تاك از زر و مقداری ظروف و جامه های زرین – حركت می دادند.همین كه نزدیك شهر رسیدند داریوش ایستاد و مشایعین را امر به توقف داد و خود با چهره ای اندوهناك ، آرام بر فراز گردونه رفت و بر تابوت بوسه زد ؛ همه ی حاضران خاموش بودند و نفس ها حبس گردیده بود. به فرمان داریوش دروازه های قصر شاهی ( تخت جمشید ) را گشودند و جنازه را به قصر خاص بردند. تا سه شبانه روز مردم با احترام از برابر پیكر کوروش می گذشتند و تاجهای گل نثار می كردند و موبدان سرودهای مذهبی می خواندند.روز سوم كه اشعه ی زرین آفتاب بر برج و باروهای كاخ باعظمت هخامنشی تابید ، با همان تشریفات جنازه را به طرف پاسارگاد – شهری كه مورد علاقه ی خاص کوروش بود - حركت دادند. بسیاری از مردم دهات و قبایل پارسی برای شركت در این مراسم سوگواری بر سر راهها آمده بودند و گل و عود نثار می كردند.در كنار رودخانه ی کوروش ( كر) مرغزاری مصفا و خرم بود. در میان شاخه های درختان سبز و خرم آن بنای چهار گوشی ساخته بودند كه دیوارهای آن از سنگ بود هنگامی كه پیكر کوروش به خاك می سپردند ، پیران سالخورده و جوانان دلیر ، یكصدا به عزای سردار خود پرداختند. در دخمه مسدود شد ، ولی هنوز چشمها بدان دوخته بود و كسی از فرط اندوه به خود نمی آمد كه از آن جا دیده بردوزد. به اصرار داریوش ، مشایعین پس از اجرای مراسم مذهبی همگی بازگشتند و تنها چند موبد برای اجرای مراسم مذهبی باقی ماندند